För 12 år sedan försvann den då 18-åriga Matilda Frimansson spårlöst. Trots att polisen för länge sedan lagt ner fallet, vägrar hennes mamma Linn acceptera att dottern är död. Hon ber sin nyfunne vän, den pensionerade fängelseprästen Johannes Brobeck, om hjälp att hitta Matilda.
Kriminalkommissarie Fatima Wallinder, nyligen tillbaka efter sin föräldraledighet, får kort därefter ett mejl som hotar hela hennes existens. En efterlyst krigsförbrytare, kusligt lik hennes egen sambo, befinner sig i Sverige. Ett mystiskt telefonsamtal till Johannes förbryllar polisen. Finns det en koppling mellan krigsförbrytarens kriminella nätverk och den försvunna Matilda Frimansson? Har Matildas mamma verkligen berättat allt?
Johannes närmar sig sanningen utan att förstå vilka risker han utsätter sig för. Ondskans spår är den sista delen i trilogin om fängelseprästen Johannes Brobeck och den åttonde boken om Fatima Wallinder, Sören Högström och deras kollegor vid länskriminalen i Göteborg.