Två tåg kraschar in i varandra när en järnvägsväxel slutar att fungera. Några dagar senare spårar ett passagerartåg ur efter ett liknande fel. Snart står det klart att en cell har aktiverats med mål att slå till mot samhällets infrastruktur. Planen är uttänkt i minsta detalj - Kodnamn Medusa har aktiverats. Konsekvenserna kommer att bli förödande om inte attackerna stoppas.
Kodnamn Medusa är den fjärde delen i serien om sjukvårdens nationella insatsgrupp (SNG) och en direkt fortsättning på Kodnamn Akilles. Återigen får vi följa de udda karaktärerna som leds av den erfarne traumakirurgen KG Segerstedt.