Livet i prästgården är inte sig likt sedan Elisabet blev den enda dottern kvar i huset och det förflutna kastar långa skuggor över en framtid som ser allt mörkare ut sedan hennes far blivit sängliggande i en sjukdom som verkar sakna bot. När den unge adjunkten Daniel Bergius anländer till prästgården tycker sig Elisabet för första gången på länge ana en ljusglimt i tillvaron och något i Daniels sätt tyder på att känslorna som spirar hos henne är besvarade. Men att följa sitt hjärta är inte alla förunnat och de val som väntar kommer bli svårare än någon av dem kunnat ana.
Det svarta hjärtat är den andra delen i släktsagan Dalens döttrar. Serien, som inleds 1762, följer prästdöttrarna Elisabet och Ulrika och deras kvinnliga ättlingar på den värmländska landsbygden.