På randen till Sahara ligger den sägenomspunna staden Timbuktu. Ibrahim är bara sju år när han lämnar sin familj i öknen och beger sig mot det okända för att börja skolan. Där träffar han Bouctou, en levnadsglad och målmedveten tjej som inte drar sig för att trotsa familjens överhuvud. En vänskap som aldrig skulle ha uppstått växer sig allt starkare och medan människorna kämpar för sitt dagliga uppehälle börjar mörka krafter röra sig söderut från Saharas inre. Stad efter stad intas av beväpnade män under al-Qaidas svartvita flagga. Tillvaron i norra Mali förändras snabbt, samtidigt som den en gång så älskade presidenten Amadou Toumani Touré fått sitt folk emot sig.
Tornseglaren och skorpionen är en berättelse om vänskap och svek medan ett land blir ockuperat och alla spelregler förändras.